Stockholm Resilience Centre är placerat direkt under Stockholms universitets ledning, sida vid sida med fakulteterna för naturvetenskap, samhällsvetenskap, juridik och humaniora. Den strategiska placeringen tydliggör centrets tvärvetenskapliga natur.
Stockholm Resilience Centre leds av en intenationell styrelse som ansvarar för strategisk inriktning av centrets verksamhet, dess resultat inom forskning och kommunikation, organisatoriska struktur och utveckling samt för dess finansiella prestation. Stockholm Resilience Centre är ett samarbete mellan Stockholms universitet, Stockholm Environment Institute och Beijerinstitutet för ekologisk ekonomi vid Kungliga Vetenskapsakademien i Stockholm. Centrum för Tvärvetenskaplig Miljöforskning, CTM, vid Stockholms universitet är numera helt integrerat i Stockholm Resilience Centre. Till centret hör numera även Baltic Nest Institute (tidigare MARE). Stockholm Resilience Centre samarbetar med Albaeco inom kommunikation. Albaeco är en fristående organisation som kommunicerar forskning om hållbar utveckling med fokus på naturens betydelse för samhälle och ekonomi.