Nest kan användas till att beräkna behovet av åtgärder för att nå politiska åtaganden om en förbättrad miljö i Östersjöns ekosystem. Genom att modellera hela avrinningsområdet är Nest ett unikt verktyg för att kunna operationalisera ekosystemansatsen i ett marint ekosystem.Beslutstödsystemets huvudsakliga fokus ligger på övergödning, flödet av näringsämnen från land till hav och dessa ämnens omsättning i havet.
Att åtgärda problemen med övergödningen genom att minska flödet av näringsämnen från land är en politiskt prioriterad fråga som kräver internationellt samarbete. Baltic Nest Institute bidrar till processen genom att föreslå åtgärder som är rättvisa, transparenta och kostnadseffektiva.
Den huvudsakliga målgruppen för resultaten från Baltic Nest är HELCOM, östersjöländernas regeringar och vattendistrikten i avrinningsområdet.